24 січня 1901 року в зв'язку з наближенням 50-річчя з дня смерті М.В. Гоголя Ніжинська міська дума та її голова прийняли рішення господарським способом збудувати в районі Магерки цегляний будинок для міського парафіяльного училища. Протягом року школу було збудовано. 29 серпня 1902 року відбулось освячення школи, а 1 вересня діти вперше сіли за парти. Пізніше школі було присвоєно ім'я М.В. Гоголя (у пам’ять про це прогресивна громадськість установила в стінах закладу бюст письменника, який у дні окупації заховала й зберегла техпрацівниця Варвара Павлівна Філоненко).
        У 1902 році викладання в школі  здійснювалося російською мовою. В ній було 3 класи: І, II, III. Штат складався з директора, вчителя та законовчителя. Держава дуже поважала працю педпрацівників. На трьох педагогів було виділено 250 карбованців. Тобто кожен отримував близько 80 крб. Для порівняння скажу, що буханка хліба коштувала тоді 9 коп, а фунт  м'яса - 14 коп.

Про порядок навчання у закладі того часу детально писав у своєму листі колишній учень (1902-1907 р.р.) Колесник Макар Михайлович.

      Починаючи з 1919 року всі предмети в школі викладаються українською мовою.  В 1922 році вчителів було вже шестеро (п’ятеро могли викладати українською мовою, а один - тільки німецькою). Із першого дня свого існування у школі разом навчалися хлопці та дівчата. Але хлопців чомусь завжди було більше. Так в 1922 році зі 107 учнів було 81 хлопець і 26 дівчат (4 діток були росіянами, 100 українців і З циган).
З 1952 року школа стала десятирічкою і знову отримала ім'я М.В. Гоголя.
        За цей час у школі працювали директори:  Музь М.Г., Бурзький К.І., Івашин Д.Ф. (саме він прийшовши після війни побудував майстерню, а потім приміщення другого корпусу), Трифонов М.К., Черняхов В.І., Драло В.Г., Ігнатенко М.Я.,  Кондратюк В.П. та Смірнова С.В.  Свій вагомий внесок здійснили талановиті педагоги: Горбатенко О.І., Ярошенко М.Г., Тубільська Е.А., Хрипливенко Н.П., Сітоленко Н.Ф., Колесник Л.Г., Аврамець Н.Г., Хорошок В.А., Шапка А.М., Мандрика Г.П., Худина В.В., Гарбуз Т.Л., Коломійченко М.Д., Шинкаренко Г.О. Сорокін В.К., Носенко О.С., Салівон Т.І., Костирко Л.І., Чуйко Л.П., Бурлака В.Г., Пирогов Л.В., Скоробогатов О.С., Калашнік Є.Ф., Калініченко А.М., Пелько В.М., Ісаєва Т.Л., Скрипка Н.П., Романова Г.П., Богдан Г.П., Насєка М.А., Нечваль Т.М., Усікова А.Г., Одінцов С.М., Єлізаров Ю.П., Коткова Л.І., Аганісян С.С., Куськал Т.І., Марченко О.В., Анікєєнко В.Г., Парубець В.В., Лагойко Р.С.
        Сьогодні традиції школи примножують педагоги – випускники закладу Салівон Т.І., Малько Л.М., Гриненко Н.М., Андрєєва Т.В., Клименко Н.Ю, Цимбаліста І.А., Мартинов І.М., Потороча Г.М. та люди, для яких школа другою домівкою, Шевчун Т.Є., Шмаровоз А.М., Бакута С.Г., Бакута О.М., Щітка С.О., Кудра Л.А., Сапєгін М.І., Гриценко Т.Є., Машталір Н.П., Федоренко К.Д., Ярошенко С.В., Шевченко О.Л., Пархоменко Т.П., Сапегіна А.І., Науменко М.В., Степаненко В.К., Ковтун О.П., Кубрак Г.М., Тартична А.М., Мікшина Л.Г., Клименко В.В., Пивовар В.В., Мартинов М.П., Бутенко О.М.